Kurikulum dinas yang dipakai di SD Muhammadiyah MBS Prambanan telah disesuaikan dengan Kompetensi Dasar dan Kompetensi Inti yang harus tercapai pada jenjang Pendidikan Dasar yang diatur pada Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 37 Tahun 2018.

SD Muhammadiyah MBS Prambanan menyesuaikan juga dengan kurikulum yang diatur oleh persyarikatan Muhammadiyah sesuai Surat Keputusan Majelis Pendidikan Dasar dan Manengah Pimpinan Pusat Muhammadiyah Nomor : 98/KEP/I.4/2017 tentang Pemberlakuan Kurikulum Al- ISlam dan Bahasa Arab. Kurikulum tersebut dikenal dengan nama ISMUBA, yang terdiri dari Pendidikan Al Islam, Kemuhammadiyahan dan Bahasa Arab.

Kurikulum Pesantren di SD Muhammadiyah MBS Prambanan merupakan program pengembangan diri yang disesuaikan dan disusun Bersama Kurikulum PPM MBS Prambanan. Hal tersebut dilakukan karena SD Muhammadiyah MBS Prambanan tergabung satu kesatuan dengan PPM MBS Prambanan yang berbasis Pesantren. Tujuannya agar kurikulum pesantren dapat berkesinambungan tidak hanya berhenti di SD saja. Sehingga diharapkan  seluruh siswa lulusan SD Muhammadiyah MBS Prambanan melanjutkan di SMP dan SMA PPM MBS Prambanan agar visi untuk mencetak generasi unggul yang berkepribadian Islami dapat terwujud dengan maksimal.

Kurikulum pesantren inilah yang menjadi perbedaan dari sekolah yang lain dan menjadi program unggulan di SD Muhammadiyah MBS Prambanan. Kurikulum pesantren yang kami kembangkan adalah Al-Islam, Tahfidz dan Character Building.

Dengan integrasi ke 3 Kurikulum tersebut membuat SD Muhammadiyah MBS Prambanan menjadi wacana baru bagi para wali murid yang ingin menanamkan Pendidikan Pesantren sejak dini kepada anaknya.